手性色譜柱的正確使用和維護十分重要，稍有不慎就會降低柱效、縮短使用壽命甚至損壞。在色譜操作過程中，需要注意下列問題，以維護手性色譜柱。

　　1、將色譜柱接到色譜儀之前，必須先用合適的溶劑沖洗流路(包括流通閥和定量環(huán))。如之前是反相系統(tǒng)，先用水把系統(tǒng)中可能含有的鹽沖洗干凈，再用異丙醇以2m/min沖洗1小時左右，再接色譜柱。(四根管路同時沖洗)

　　2、有些溶劑(比如丙酮、氯仿、DMF、二甲基亞例、乙酸乙酯、二氯甲烷、THF)會破壞手性固定相，應(yīng)禁用。

　　3、一般說來手性色譜柱不能反沖，只有生產(chǎn)者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去留在柱頭的雜質(zhì)。否則反沖會迅速降低柱效。

　　4、選擇使用適宜的流動相(尤其是pH)，以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一預(yù)柱，分析柱是鍵合硅膠時，預(yù)柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預(yù)先被硅膠“飽和”，避免分析柱中的硅膠基質(zhì)被溶解。

　　5、避免將基質(zhì)復(fù)雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內(nèi)，需要對樣品進行預(yù)處理或者在進樣器和手性色譜柱之間連接一保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應(yīng)該經(jīng)常更換。

　　6、經(jīng)常用強溶劑沖洗手性色譜柱，清除保留在柱內(nèi)的雜質(zhì)。在進行清洗時，對流路系統(tǒng)中流動相的置換應(yīng)以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應(yīng)是柱體積的20倍左右，即常規(guī)分析需要50~75ml。